İstanbul Sabahattin Zaim Üniversitesi yönetim sistemi, idari ve akademik birimlerin verimlilik bağlamında koordinasyonu ilkesi üzerine kurulmuştur. Eğitim ve araştırma faaliyetlerinin sağlıklı bir şekilde yürütülmesi ve eğitim öğretimde verimliliğin sağlanması için akademik kadronun mümkün olduğunca idari iş yükünden etkilenmemesine özen gösterilmiştir. Bu kapsamda, akademik birimler doğrudan Rektöre bağlıdır. İdari birimler ise yine Rektöre bağlı olarak doğrudan Genel Sekreterlik sorumluluğundadır.
Üniversitemizde personel alımı ve finansla ilgili işlemler Mütevelli Heyeti tarafından görüşülerek karara bağlanmaktadır. Üniversite Rektörü, Mütevelli Heyetinin asil üyesidir. Eğitim öğretimle ilgili konular Yönetim Kurulu ve Senatoda görüşülür ve karara bağlanır.